پایان نامه : بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های Fusarium oxysporum f. sp. ciceri عامل بیماری پژمردگی نخود در استان ایلام

 

 :دانلود فایل متن کامل پایان نامه در سایت

sabzfile.com

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته بیماری­ شناسی گیاهی

عنوان :  بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های Fusarium oxysporum f. sp. ciceri عامل بیماری پژمردگی نخود در استان ایلام

دانشگاه ایلام

دانشکده کشاورزی

 

 

پایان­نامه کارشناسی ارشد در رشته بیماری­ شناسی گیاهی

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های

Fusarium oxysporum f. sp. ciceri

عامل بیماری پژمردگی نخود در استان ایلام

 

استاد راهنما:

دکتر خشنود نوراللهی

استاد مشاور:

مهندس حسن یونسی

شهریور 93

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 

چکیده

نخود مهم­ترین گیاه از خانواده حبوبات در حوزه مدیترانه، شبه قاره هند، غرب آسیا و شمال آفریقا است. بیماری پژمردگی نخود با عامل Fusarium oxysporum f. sp. ciceri یکی از مهم­ترین بیماری­های این گیاه در جهان به­شمار می­رود. این بیماری در تمام مناطق نخودکاری ایران گزارش شده است. بیماری همه ساله در تمام مناطق نخودکاری استان ایلام باعث خسارت فراوانی می­شود بطوری­که در برخی از مزارع به 50 % تا 70 % هم میرسد. این تحقیق به منظور بررسی و تعیین تنوع ژنتیکی قارچ عامل بیماری زردی و پژمردگی نخود انجام گرفت. برای این منظور از مناطق نخودکاری استان شامل شش شهرستان از جمله آسمان­آباد، ایوان، بدره، چرداول، دره­شهر، سرابله نمونه­برداری صورت گرفت. پس از جداسازی، خالص­سازی و شناسایی قارچ عامل بیماری و معرفی F. oxysporum f. sp. ciceri به عنوان عامل غالب بیماری، بررسی تنوع ژنتیکی جدایه­ها با استفاده از پنج جفت نشانگر ریزماهواره صورت گرفت، نهایتاً در مجموع 17 آلل در بین جمعیت­ها مشاهده شد نتایج تجزیه واریانس مولکولی حاکی از تنوع بالای درون جمعیتی معادل 92 درصد و تنوع پایین بین جمعیت­های مناطق مختلف در حدود 8 درصد داشت. جریان ژنی (Nm) بالا و برابر 589/7 به­دست آمد. بنابراین تمایز ژنتیکی (Gst) به میزان کمی 0618/0 مشاهده گردید. دندروگرام رسم شده بر اساس فاصله ژنتیکی بین جمعیت­های مورد مطالعه در این تحقیق، نشان داد که جمعیت­های آسمان­آباد و سرابله در دو گروه جدا قرار گرفته­اند و نسبت به جمعیت-های دیگر تفاوت ژنتیکی بیشتری دارند. نتایج حاصل از این تحقیق در جهت کمک به متخصصین اصلاح نباتات و بیماری­شناسان گیاهی در جهت اصلاح ارقام نخود می­باشد.

کلیدواژه: نخود، Fusarium oxysporum f. sp. ciceri، تنوع ژنتیکی، ریزماهواره

جستجو در سایت :   

فهرست مطالب

 

عنوان صفحه
چکیده……………………………………………………………………………………………………….. د
فهرست مطالب…………………………………………………………………………………………….. ه
فهرست جدول­ها ………………………………………………………………………………………….. ی
فهرست شکل­ها……………………………………………………………………………………………. ل
فصل اول

 

1-1-مقدمه…………………………………………………………………………………………………. 2
فصل دوم
2-1- آشنایی با سیمای استان ایلام……………………………………………………….…………… 5
2-1-1- آب و هوای استان ایلام……………………………………………………..…….………… 5
2-2- جایگاه تاریخی نخود………………………………………………………………………..…… 6
2-3- اهمیت و جایگاه نخود در جهان و ایران…………………………………..………………… 6
2-4- گیاه­شناسی نخود…………………………………………………………..……………………… 7
2-4-1- انواع نخود……………………………………………………..……..………………………… 7
2-4-2- ارزش غذایی دانه نخود……………………………………………………………………… 8
2-5- موقعیت زراعی نخود در استان ایلام……………………………………………………..…… 8
2-6- بیماری­های نخود……………………………………………………………………….…….…… 8
2-6-1- بیماری پژمردگی فوزاریومی نخود………………………………………………..……… 9
2-6-2- جنس فوزاریوم ………………………………………………………………………………… 10
2-6-2-1- طبقه­بندی فوزاریوم………………………………………..……………………………… 10
2-6-2-2- نامگذاری و طبقه­بندی…………………………………………….……………………… 11
2-6-2-3- مرحله زادآوری جنسی…………………………………………………………………… 11
2-6-2-4- مرحله غیرجنسی…………………………………………………………………………… 11
2-6-3- همه­گیری بیماری……………………………………………………………………………… 12
2-6-3-1- علائم بیماری……………………………………………………………………………….. 12
2-6-3-2- چرخه بیماری………………………………………….…………………………………… 13
2-6-3-3- شرایط محیطی……………………………………………………………………………… 14
2-6-3-4- گسترش بیماری………………………………………….………………………………… 14
2-7- روش­های کنترل بیماری پوسیدگی ریشه نخود…………………………………………… 15
2-7-1- روش زراعی……………………………………………………….…………………………… 15
2-7-2- روش شیمیایی………………………………………………..………………………………… 15
2-7-3- مبارزه بیولوژیکی……………………………………………………………………………… 15
2-7-4- ارقام مقاوم……………….……………………………………………………………………… 15
2-8- تنوع بیماری­زایی و تنوع ژنتیکی .Fusarium ssp………………………………………… 16
2-8-1- بررسی تنوع ژنتیکی F. oxysporum با استفاده از نشانگرهای ……………..SSR 17
فصل سوم   

 

3-1- نمونه­برداری………………………………………………………………………………………… 24
3-2- جداسازی قارچ عامل بیماری از بافت­های گیاهی آلوده………………………………… 32
3-3- محیط کشت­های مورد استفاده………………………………………………………………… 32
3-3-1- محیط کشت­های جداسازی………………………………………………………………… 32
3-3-1-1- محیط کشت سیب­زمینی- دکستروز- آگار………………………………………… 32
3-3-1-2- محیط کشت پپتون- پنتاکلرونیتروبنزن- آگار……………………………………… 33
3-3-2- محیط کشت­های خالص­سازی………………………………………..…………………… 34
3-3-2-1- محیط کشت آب- آگار……………………………….………………………………… 34
3-3-3- محیط کشت­های شناسایی…………………………………………………………………… 34
3-3-3-1- محیط کشت برگ میخک- آگار…………………………………..………………… 34
3-3-3-2- محیط کشت مواد غذایی خاص…………………..…………………………………… 35
3-4- شناسایی قارچ عامل بیماری…………………………..………………………………………… 35
3-5- تهیه کشت خالص و نگهداری جدایه­ها……………………………………………………… 36
3-5-1- روش تک اسپور کردن ……………………………………………………………………… 36
3-5-2- روش نوک­هیف……………………………………………………….……………………… 36
3-5-3- نگهداری کشت خالص قارچ……………………….……………………………………… 37
3-6- محلول­های رنگی مورد استفاده برای رنگ­آمیزی و مشاهده­ی قارچ………………… 37
3-6-1- محلول اریتروزین……………………………………………………………………………… 37
3-6-2- محلول آبی پنبه در آب……………………………………………………………………… 37
3-7- بررسی آزمون بیماری­زایی در گلخانه………………..……………………………………… 38
3-8- آزمایش­های مولکولی……………………………………………….…..……………………… 38
3-8-1- استخراج DNA ……………………………………………………………………….……… 38
3-8-1-1- مراحل استخراج DNA …………………………………………..……………………… 39
3-8-2- بررسی کیفیت استخراج……………………………………………………………………… 40
3-9- بررسی تنوع ژنتیکی جدایه­ با کمک نشانگرهای SSR……………………………..…… 41
3-10- تجزیه و تحلیل داده­ها ………………………………………………….……………………… 43
فصل چهارم

 

4-1- نتایج جداسازی جدایه­ها………………………………………….……………………………… 45
4-1-1- مشخصات قارچ در محیط کشت PDA…………………….…………………………… 45
4-2- آزمون بیماری­زایی………………..……………………………………………………………… 46
4-3- نتایج تجزیه و تحلیل داده­های مولکولی……………………………………………..……… 47
4-3-1- توزیع فراوانی آلل­ها در جمعیت­ها و جایگاه­های ریزماهواره……………….……… 47
-3-2- ویژگی آغازگرهای استفاده شده برای جدایه­ها………………….……………………… 48
4-3-3- آزمون مانتل………………………………………..…………………………………………… 51
4-3-4- گروه­بندی جدایه­های F. oxysporum……………………..…………………………… 52
4-3-5- تجزیه به مختصات اصلی در جدایه­های F. oxysporum مورد مطالعه………..… 55
4-4- تنوع ژنتیکی جمعیت­ها……………………………………………………..…………………… 57
4-4-1- اطلاعات تنوع ژنتیکی پنج جایگاه SSR برای جمعیت­ها……………….…………… 57
4-4-2- درصد چندشکلی در جمعیت­های مورد مطالعه………………………………………… 58
4-4-3- بررسی فاصله ژنتیکی و شباهت ژنتیکی در جمعیت­ها………………………..……… 58
4-4-5- بررسی میزان جریان ژنی در جمعیت­ها…………………………………………………… 60
4-4-6- تجزیه به مختصات اصلی و رسم بای­پلات بر اساس نشانگر SSR………………… 60
4-4-7- تجزیه واریانس مولکولی………………………………………………….………………… 61
4-5- بحث…………………………………………………………………………….…………………… 62
4-5-1- نتیجه­گیری کلی……………………………..…..……………………….…………………… 65
4-7- پیشنهادات……………………………………………………………..….………………………… 66
فهرست منابع……………………………………………………………………………………..………… 67

 

فهرست جدول­ها

 

عنوان و شماره صفحه
جدول 3-1- مشخصات جدایه­های بدست آمده از مناطق مختلف…………………………… 25
جدول 3-2- اجزای محیط کشت پپتون-پنتاکلرونیتروبنزن- آگار……………………….…… 33
جدول 3-3- مواد تشکیل دهنده محیط کشت مواد غذایی خاص…………………….……… 35
جدول 3-4- ترکیبات بافر استخراج DNA………………………………………………………… 39
جدول 3-5- مشخصات آغازگرهای ریزماهواره مورد استفاده………………………………… 42
جدول 4-1- توزیع فراوانی آلل­ها در جمعیت­ها…………………………………………..……… 48
جدول 4-2- ویژگی­های آغازگرهای استفاده شده…………………………………………….… 48
جدول 4-3- شاخص نشانگری، نسبت چندگانه مؤثر و میزان چندشکلی (PIC) ………… 49
جدول 4-4- اطلاعات مربوط به آلل­های موجود………………………………………….……… 50
جدول 4-5- ضمیمه (شکل4-8) ………………………………………………..…………………… 55
جدول 4-6- تخمین تنوع ژنتیکی در جمعیت­ها…………………………………………………… 57
جدول 4-7- درصد چندشکلی در جایگاه­های ژنی……………………………………………… 57
جدول 4-8- اندازه، مشخصات و فاصله ژنتیکی بین زوج جمعیت­ها………………………… 59
جدول 4-9- میزان جریان ژنی (Nm) و تمایز ژنتیکی GST در جمعیت­ها………………… 60
جدول4-10- خصوصیات مؤلفه­های حاصل از تجزیه به مختصات اصلی……………..…… 61
جدول 4-11- تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) داده­ها……………….………………… 62

 

 

فهرست شکل­ها

 

عنوان و شماره صفحه
شکل 2-1- چرخه بیماری زردی و پژمردگی نخود……………………………………………… 13
شکل 3-1- موقعیت جغرافیایی مناطق نمونه­برداری شده……………..………………………… 24
شکل 3-2- نمونه های آلوده به بیماری زردی و پژمردگی…………………………………… 25
شکل 3-3- بررسی کیفیت DNA ژنومی…………………………………………………………… 41
شکل 4-1- پرگنه قارچ F. oxysporum f. sp. ciceri در محیط کشت PDA……..…… 45
شکل 4-2- تصاویر میکروسکوپی قارچ F. oxysporum f. sp. ciceri…………….……… 46
شکل 4-3- آزمون بیماری­زایی…………………………..…………………………………………… 47
شکل 4-4- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR1……………………………… 50
شکل 4-5- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR2……………………………… 51
شکل 4-6- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR9……………………………… 51
شکل 4-7- آزمون مانتل………………………………………………………………………………… 52
شکل 4-8- دندروگرام ارتباط ژنتیکی به روش UPGMA …………………………………… 53
شکل 4-9- دندروگرام ارتباط ژنتیکی به روش الحاق مجاور………………………….……… 54
شکل4-10- نمودار دوبعدی تجزیه به مؤلفه­ اصلی…………………..…………………………… 56
شکل 4-11- نمودار سه بعدی تجزیه به مؤلفه­های اصلی…………………………..…………… 56
شکل 4-12- دندروگرام ارتباط ژنتیکی ایجاد شده بوسیله UPGMA ………..…………… 59
شکل 4-13- نمودار دوبعدی پراکنش جمعیت­ها……………………………………….………… 60
شکل 4-14- نمودار مربوط به تجزیه واریانس مولکولی جمعیت­ها…………….…………… 62

مقدمه

نخود زراعی (Cicer arietinum L.) گیاهی خودگشن، دیپلوئید (2n=2x=16)، یکساله با ژنوم کوچک738mbp) ~) می­باشد [27]. نخود مهم­ترین گیاه از خانواده حبوبات در حوزه مدیترانه، شبه قاره هند ، غرب آسیا و شمال آفریقا است [57]. اصلی­ترین کشورهای تولید­کننده نخود در جهان به ترتیب هند، پاکستان، ترکیه، ایران و استرالیا هستند [48].

نخود، منبع بسیار مناسبی برای روی، آهن و پروتئین است. همچنین به لحاظ میزان فیبرهای رژیمی، بسیار غنی بوده و میزان چربی اندکی دارد که از نوع اسید­های چرب غیر­اشباع می­باشد، انواع نخود به طور متوسط دارای 19 درصد پروتئین، 13 درصد چربی و 68 درصد کربوهیدرات می­باشند، همچنین به لحاظ تأمین میزان کلسیم مورد نیاز نیز حائز اهمیت است [96]. سطح زیر کشت نخود در ایران 640 هزار هکتار و تولید سالیانه آن در حدود 400 هزار تن است [85، 59، 29]. طبق آمارهای انتشار یافته از سوی سازمان خوار و بار جهانی میزان تولید جهانی این محصول در سال 2010 میلادی 10 میلیون تن بوده که سهم ایران از آن حدود 233686 تن بوده است [45].

قارچ Fusarium oxysporum یک پاتوژن خاکزاد با دامنه میزبانی وسیع بوده که باعث پژمردگی آوندی در گیاهان مختلف می­شود [26]. بیماری پژمردگی فوزاریومی نخود با عاملF. oxysporum f. sp. ciceri مهم­ترین بیماری خاکزاد این گیاه در جهان خصوصًا در شبه قاره هند، حوزه مدیترانه و کالیفرنیا بشمار می­رود، کاهش عملکرد سالیانه نخود در اثر این بیماری از ١٠ تا ١۵ درصد متغیر است ولی بیماری می­تواند در شرایط خاص کل محصول را از بین ببرد [68]. این بیماری در ایران نیز از اغلب مناطق نخود­کاری گزارش شده و میزان خسارت آن در برخی نقاط کشور تا ٢٢ درصد هم برآورد شده است [18]. بیماری زردی و پژمردگی نخود یکی از مهم­ترین بیماری­های نخود در استان ایلام می­باشد که در این استان همه ساله در تمام مناطق نخودکاری باعث خسارت فراوانی می­شود، بطوری­که در برخی از مزارع به 50 %تا 70 % هم می­رسد [21]. از آنجایی­که نخود ارزش غذایی بسیار بالایی دارد و یکی از ارزان­ترین منابع تامین پروتئین گیاهی (بین 12 تا 31 درصد پروتئین) می­باشد و بیماری پژمردگی یکی از تهدید­های جدی برای این محصول محسوب می­شود، از طرفی مبارزه با این بیماری همانند سایر بیماری­های خاکزاد مشکل است و کنترل این بیماری با استفاده از مواد شیمیایی مقرون به صرفه نخواهد بود، بنابراین طبق بررسی بیماری­شناسان گیاهی بهترین روش کنترلی این بیماری استفاده از بذر سالم و ارقام مقاوم می­باشد. یکی از راه­های رسیدن به ارقام مقاوم پایدار، شناخت قارچ عامل بیماری و بررسی تنوع ژنتیکی آن در مناطق کشت محصول مورد نظر است تا معرفی ارقام مقاوم با اطمینان بالایی صورت گیرد، تغییرات ژنتیکی در قارچ­های بیمارگر از جنبه تهیه ارقام مقاوم حائز اهمیت است، ردیابی این تغییرات با روش­های سنتی مستلزم صرف هزینه زیاد و از دست رفتن زمان خواهد بود. استفاده از روش­های مولکولی در تعیین تنوع ژنتیکی بین جمیت بیمارگر موجب کسب اطلاعات مربوط به وقوع نوترکیبی ژنتیکی آن­ها می­شود [66]. یکی از روش­های مولکولی که برای تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت­های بیمارگر به کار می­رود نشانگرهای ریزماهواره هستند، نشانگر­های ریزماهواره ابزار قوی به منظور طبقه­بندی و مطالعه ژنتیک جمعیت­ها را فراهم می­کنند [42، 35]. این نشانگر­ها جایگاه­های ترکیب­شده از توالی­های ساده تکراری هستند که به صورت تصادفی در سراسر ژنوم قارچ­ها و دیگر یوکاریوت­ها پخش شده است [97، 86، 64]. این توالی­ها عموما از چند­شکلی بالایی برخوردارند [47].

 

این بیماری در استان ایلام خسارت زیادی وارد می­کند، و یکی از بیماری­های بسیار مهم نخود در این استان به حساب می­آید. یکی از روش­های کنترلی این بیماری، مبارزه شیمیایی می­باشد اما از آنجایی­که مبارزه شیمیایی روشی بسیار خطرناک برای محیط زیست و انسان تلقی می­شود، بهترین روش کنترل این بیماری استفاده از بذر سالم و ارقام مقاوم می­باشد. به همین دلیل بررسی تنوع ژنتیکی جدایه­های عامل بیماری با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی این بیماری در این استان انجام می­گیرد. هدف این پژوهش آن است که با تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، برنامه­ای یکپارچه برای مقاومت در برابر این بیماری اعمال شود.

هدف از تحقیق حاضر عبات از :

جداسازی و شناسایی قارچ عامل بیماری زردی و پژمردگی نخود و بررسی تنوع ژنتیکی قارچ عامل بیماری

تعداد صفحه : 103

قیمت : 14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        ****       [email protected]

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

***  *** ***

این مطلب رو هم توصیه می کنم بخونین:   دانلود پایان نامه ارشد : بررسی کارایی واحدهای کنسانتره در استان آذربایجان غربی